目前临床常用的HPV检测方法主要是利用病毒基因组DNA进行检测。该检测方法有多种类型，主要是分为HPV分型检测和非分型检测两种。目前也有一些基于非分型检测的部分分型检测，主要检测12种高危型和2种潜在高危型病毒66和68。其中，16和18型可进行分型检测，而其他病毒则属于非分型检测范畴。

分型检测的好处是可以确定得了的HPV的具体类型，并且可以确定多种类型的混合得了。在临床上，分型检测可以用来判断是否出现同一型号HPV的持续得了或再得了。

HPV检测无法区分不同的HPV类型，只能判断是否得了高危型HPV，而不能确定具体的HPV型别。这种检测在临床上可用于筛查宫颈SIL和宫颈AI，但不能确定某种HPV型别是否持续得了或再得了。

除了细胞学检查挖空细胞、免疫组化检测HPV抗原、HPV抗体检测之外，还有其他的HPV检测试剂盒等方法。