其他可用于分流的方法包括宿主DNA甲基化、病毒DNA甲基化、病毒载量以及E6/E7蛋白等指标。E6/E7致AI基因在宫颈AI发展中扮演着重要角色，HPV得了后会出现E6/E7过度表达。已有研究证实利用HPVE6/E7mRNA检测进行宫颈AI筛查的有效性和可行性。长期的随访研究显示，HPVE6/E7mRNA阴性的女性未来发生高级别鳞状上皮内病变HSIL的风险相当低。然而，不同研究的诊断结果存在差异，特异性和灵敏度的数据也存在差异，因此筛查效果仍需进一步验证。

E6和E7与DNA甲基转移酶、组蛋白修饰酶以及染色质重塑复合物的亚单位等表观遗传调节因子相互作用，影响宿主细胞基因的转录，导致宿主DNA甲基化。宿主细胞DNA甲基化在恶性肿LIU的发展和结果中起到重要作用。该检测方法可以通过不同的分子方法，并在不同类型的样本如宫颈组织、宫颈拭子以及自采集的宫颈-阴道细胞上进行。已发布的数据一致表明，在几乎所有的宫颈AI样本中包括组织样本和刮片样本在许多疾病中，大部分标记物的甲基化水平都很高。而且这种标记物的阳性结果与组织类型、病变分期、HPV基因型、样本类型和地理区域无关。然而，大多数AI症中的甲基化水平持续增高，因此需要确定特定的靶点。

一项研究评估了全球范围内的500多名宫颈AI患者的结果，发现FAM19A4/miR124-2基因的甲基化检测结果为阳性。在荷兰的宫颈筛查队列中，hrHPV阳性的妇女也显示出对宫颈AI具有较高的横断面敏感性。一项中国的3年随访数据显示，甲基化基因分流阴性的女性患上CIN2+的风险降低，可以将HPV检测的间隔至少延长至2年。但目前对上述分流方法的证据相对有限，尤其是长期预测和临床应用方面的证据缺乏。

目前世界卫生组织的筛查指南建议以HPVDNA检测作为初筛方法，对于阴性结果的女性，每5-10年进行一次筛查。对于HPVDNA初步筛查试验阳性但分流检测为阴性的一般女性群体，建议在24个月后再次进行HPVDNA检测。相比之下，我国的筛查间隔建议更为保守。卫健委筛查工作方案建议35-64岁的女性，在HPV阴性的情况下，每5年进行一次筛查。对于HPVDNA阳性但分流检测为阴性的女性，建议在12个月后进行复查。对于欧洲4个国家的细胞学和HPV检测组宫颈AI发病率的试验的汇总分析结果表明，建议从30岁开始进行基于HPV的筛查，并将筛查间隔延长至少5年。

一项英国的真实世界研究结果显示，25-49岁的妇女在HPV检测阴性后，筛查间隔可以延长至5年，50岁以上的妇女甚至更长。对于HPV阳性的妇女，在召回检测显示HPV阴性后，在3年后再次筛查初筛4-5年后，其CIN3+检出率与细胞学阴性女性3年后常规筛查的CIN3+检出率相似。此外，对于HPV阳性但再次召回呈HPV阴性的妇女，其筛查间隔应保持在3年。

同时，不同的分流方法对结果阴性的妇女的发病风险也会有所不同。一项为期5年的随访研究数据显示，采用p16/Ki-67双染进行分流且结果为阴性的妇女可以将随访间隔安全地延长至3年。这些研究结果表明，目前的筛查策略需要基于大规模人群数据进行进一步优化和细化。